La décision du gouvernement rwandais de fermer plusieurs églises de Kigali, la capitale, continue de susciter des réactions mitigées de la part des dirigeants et fidèles religieux à travers le pays.
Une mesure qui vise principalement les petites églises pentecôtistes dirigées par des prédicateurs charismatiques.
Au total, 714 églises et une mosquée ont du interrompre leurs activités. 
« Certaines églises conduisent leurs services de prière dans des structures de mauvaise qualité et sales, au détriment de la santé et de la sécurité des gens », justifie Anastase Shyaka, le chef du comité chargé d’évaluer les organisations publiques et privées.
À l’annonce de cette mesure, certains responsables religieux ont exprimé leur désapprobation. « Celles qui n’ont pas réussi à remplir toutes les conditions requises devraient être autorisées à rouvrir et à reprendre le travail, pendant qu’elles finissent de résoudre les problèmes évoqués », a estimé Innocent Nzeyimana, président du Forum des Églises.
Les conditions d’ouverture de lieux de culte se durciront. Une nouvelle loi sur les congrégations religieuses qui rendra plus difficile l’ouverture d’églises est sur la table du Parlement. Cette loi – qui devrait être adoptée au courant de l’année – oblige aussi les prédicateurs à suivre des cours de théologie, affirmant vouloir protéger par là les Rwandais contres certains prédicateurs qui « qui duperaient leurs fidèles par des sermons trompeurs. »
Ces mesures ne sont pas du goût de certains responsables chrétiens qui accusent les autorités rwandaises de tenter de contrôler le message qu’ils font passer à leurs fidèles, dans un pays souvent accusé par les défenseurs des droits de l’Homme de bafouer la liberté d’expression.
Les incidents liés à la liberté religieuse semblent être dus à des questions relatives à la réforme de la Constitution et à la réconciliation nationale. C’est le cas en particulier lorsque les chefs religieux touchent à des aspects du génocide de 1994, considérés comme très délicats par les autorités et qui ne correspondent pas à la version officielle.
La Constitution du Rwanda, promulguée en 2003 et modifiée à plusieurs reprises jusqu’en 2015, déclare que (article 33), la « liberté de pensée, d’opinion, de conscience, de religion, de culte et leur manifestation publique sont garanties par l’État dans les conditions définies par la loi. » Selon l’article 54, « il est interdit aux formations politiques de s’identifier à une race, une ethnie, une tribu, un clan, une région, un sexe, une religion ou à tout autre élément pouvant servir de base de discrimination. »
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